Вот у меня вопрос такой.
Допустим я имею работающий контроллер PXC100E.D (с зашитой кем-то программой) и компьютер c XWORKS'ом.
Могу ли я как-то выгрузить программу из контроллера в свой XWORKS?

Нет. Если у Вас есть программа ранее загруженная, то Вы можете сделать ReadBack. Этим вычитаете всё что могли поменять (уставки).